No ano de 95 d.C., João, o Evangelista, foi exilado em Patmos. Na caverna onde ele estava hospedado, com seu discípulo Prochorus, ele escreveu o Apocalipse.
A Caverna Sagrada está localizada entre Skala e Chora e está conectada ao Mosteiro de São João Evangelista por uma trilha (10-15 minutos de caminhada). Durante sua visita, você poderá também contemplar a capela de Santa Anna que fica dentro da Caverna Sagrada.
No teto da caverna há uma trinca tripla, que se entende ter sido causada pela presença de Deus, simbolizando a Santíssima Trindade. A tradição indica que foi através dessas fissuras que a voz de Deus ditou o texto do Apocalipse para João Evangelista, que o escrevia no chão, posteriormente com a ajuda de seu discípulo Prochorus a transcreveu.
O local em que São João apoiava a cabeça para dormir e onde apoiava sua mão para se levantar do chão estão envoltos em prata. Há também uma espécie de púlpito na rocha que teria servido de apoio para seu discípulo escrever.
João esteve exilado em Patmos pela perseguição do imperador Domiciano. O sucessor deste, o imperador Nerva, concedeu anistia geral; em virtude dela joão Evangelista pode voltar a Éfeso, centro de sua atividade apostólica durante muito tempo, conhecida atualmente como Turquia. Nesse local, onde faleceu com quase 100 anos de idade, existem ruínas da sua igreja e o local que teria sido seu túmulo.